Przy wyborze rodzaju spółki bardzo ważnym aspektem jest forma opodatkowania danej spółki. Należy pamiętać, że w przypadku spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, mamy do czynienia ze zjawiskiem tzw. „podwójnego opodatkowania podatkiem dochodowym”. Dochód spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, która posiada osobowość prawną, podlega opodatkowaniu z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych (CIT) w wysokości 19% - art. 19 ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych. Oprócz tego opodatkowaniu z tytułu podatku dochodowego podlegają zyski (inaczej dywidendy) wspólników. W rzeczywistości jest to ten sam zysk, który najpierw jest opodatkowany z tytułu osiągniętego przez spółkę dochodu, a następnie z tytułu wypłaty dywidendy na rzecz wspólników. Pod tym względem korzystniejsze rozwiązanie gwarantują spółki osobowe, w których zysk podlega tylko raz opodatkowaniu (podatkiem PIT).

Dla założenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością - jako spółki kapitałowej – wymagany jest kapitał zakładowy w kwocie 5 000,00 zł. Wprawdzie wysokość kapitału – w porównaniu np. ze spółką akcyjną – nie jest znaczna, jednakże stanowi wymóg bezwzględny, którego nie można wyłączyć czy obniżyć postanowieniami umowy spółki.

Wprawdzie wspólnicy spółki z ograniczoną odpowiedzialnością nie ponoszą odpowiedzialności osobistej za zobowiązania, ale odpowiedzialność taką mogą ponosić członkowie zarządu, którzy nierzadko powoływani są spośród grona wspólników. Zgodnie bowiem z treścią art. 299 § 1 k.s.h. jeżeli egzekucja przeciwko spółce okaże się bezskuteczna, członkowie zarządu odpowiadają solidarnie za jej zobowiązania (członek zarządu może się uwolnić od niniejszej odpowiedzialności, jeżeli wykaże, że we właściwym czasie zgłoszono wniosek o ogłoszenie upadłości lub wszczęto postępowanie układowe, albo że niezgłoszenie wniosku o ogłoszenie upadłości oraz niewszczęcie postępowania układowego nastąpiło nie z jego winy, albo że pomimo niezgłoszenia wniosku o ogłoszenie upadłości oraz niewszczęcia postępowania układowego wierzyciel nie poniósł szkody).

Kolejną niedogodnością przy prowadzeniu spółki z ograniczoną odpowiedzialnością jest konieczność prowadzenia pełnej księgowości, co często wiąże się z potrzebą zlecenia jej profesjonalnym podmiotom, a tym samym dodatkowymi, stałymi kosztami. Bezsprzecznym utrudnieniem jest konieczność zawarcia umowy spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w formie aktu notarialnego, co wiąże się z oczywistymi kosztami.

Pomimo powyższych niedogodności spółka z ograniczoną odpowiedzialnością, która ma również wiele atutów, jest najczęstszą formą prowadzenia biznesu.